Родился в семье потомственных дворян Тамбовской губернии. По окончании Александровского военного училища начал службу в армии.

В 1880 году поступил в Академию генштаба в Харькове. Через год перевелся в Псковский кадетский корпус на должность воспитателя старших классов, где прослужил до 1902 года вплоть до отставки в чине генерал-майора.

Изучение и сохранение уникальной культуры Пскова стало делом его жизни. С 1895 года – член Псковского археологического общества. Принимал участие в раскопках могильников в Камно, места, окруженного легендами. Ему удалось найти следы церкви Рождества на Кстове, засыпанной в 1701 году по приказу Петра I.

Был одним из первых, кто понял высочайшую ценность памятников Мирожского монастыря и необходимость его охраны.

Одно из важнейших и трудоемких свершений исследователя – составление исторического плана Пскова. Этот план отражает все известные и преимущественно не сохранившиеся памятники. Материал для плана пришлось собирать по крупицам, так как в царствование Екатерины II прошла радикальная реконструкция многих древних городов.

Написал работы «Псковский Городец и Мирож как места первых поселений славян», «Псковские печати», «Материалы по истории Псковского кадетского корпуса». Был сторонником мнения о том, что Псков существовал задолго до княгини Ольги, и в своих работах стремился обосновать это мнение.

Во многом благодаря его инициативе и настойчивости музей древностей получил в свое распоряжение здание Поганкиных палат.

В 1906 году по семейным обстоятельствам переехал в Петербург. Здесь вступил в Военно-историческое общество и иногда выступал с докладами «Крепость Остров», «Великая княгиня Ольга и ее отношение к псковской старине» и другими.

Первая мировая война непосредственно затронула семью Ушаковых и, очевидно, сыграла роль в ухудшении здоровья Федора Алексеевича.

Похоронен на Смоленском кладбище Петербурга.

Литература:

Медников, М. Федор Алексеевич Ушаков – педагог, историк, археолог : к 150-летию со дня рождения / М. Медников // Стерх. – 2000. – 29 дек. (№ 52-б). – Прил.: с. 6. – (Псковские хроники ; № 9).

Зибницкий, Э. Офицер, учитель гимназии, краевед / Э. Зибницкий // Псковская губернiя. – 2001. – 11-17 янв. (№ 2). – С. 19.
Подробно о жизни и деятельности Федора Алексеевича Ушакова.